Несмотря на очевидное «идейное» влияние романа «Пикник на обочине» (авторы — братья Стругацкие, Аркадий и Борис), а также фильма «Сталкер» Андрея Тарковского на мир и сюжетное наполнение игры, связь эта ни в титрах проекта, ни где-либо ещё официально не упоминается.

В Чернобыльской Зоне Отчуждения действительно время от времени бродят мародеры-сталкеры, которые выносят радиоактивные предметы: моторы, двигатели, картины, статуэтки.

Начальным названием игры было «S.T.A.L.K.E.R.: Oblivion Lost», которую литературно можно было перевести как «потерянное забвение». Но в 2004 году название сменили на «S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl» для более легкого понимания сути игры.

Неофициальная расшифровка аббревиатуры S.T.A.L.K.E.R. — Scavengers, Trespassers, Adventurers, Loners, Killers, Explorers, and Robbers (Падальщики, Нарушители границ, Авантюристы, Одиночки, Убийцы, Исследователи и Разбойники) появилась на многих новостных сайтах 13 марта 2007 года. На самом деле S.T.A.L.K.E.R. — название программы визуального зомбирования. Такая особенность названия игры объясняется необходимостью соблюдения создателями игры авторских прав. Дело в том, что ранее уже была создана игра с одноимённым названием («Stalker»), и в связи с этим авторам «S.T.A.L.K.E.R.» пришлось изменить название, поставив точки после каждой буквы в первом слове и искусственно сделав его аббревиатурой.

Все автоматы и винтовки в игре имеют затвор с левой стороны, а не с правой, как положено. Отстрелянные гильзы будут отлетать стрелку в лицо.

Несмотря на то, что разработчики обещали реализовать систему Выбросов, в самой игре Выбросы происходят только два раза: в конце игры возле ЧАЭС и на Янтаре во время снятия замеров.

Название водки совпадает с названием одной из игр компании GSC Game World, «КАЗАКИ». Кроме того в описании водки говорится, что производителем является компания GSC, а на этикетке бутылки нарисован логотип самой игры.

Действие игры происходит на территории Украины, однако в качестве денег используются советские рубли, а в биографии Кузнецова (раздел КПК «Контакты») говорится, что он служил под Тулой, но был «сослан» в Зону за взяточничество.

При беге персонаж за 10 секунд свободно преодолевает приблизительно 90 метров. Это около 33 км/ч, что практически соответствует скорости бега мастера спорта по лёгкой атлетике. Учитывая тяжесть рюкзака весом почти 50 кг, поддержание такого темпа бега на протяжении даже нескольких секунд выходит за пределы человеческих возможностей.

Заявляется, что пушка Гаусса является бесшумным оружием, хотя не может им быть из-за сверхзвуковой скорости заряда. В игре Гаусс по громкости выстрела не уступает СВД — звук рассекаемого электрозарядом воздуха отчетливо слышен в радиусе примерно 500 метров. К тому же гаусс создает след плазмы голубого цвета, отлично указывающий местонахождение стрелка.

Присутствующая в описании группировки сектантов формулировка «эволюционный кристалл неземного происхождения — Монолит» по всей видимости является аллюзией на фильм «Космическая одиссея 2001 года», в котором сюжет крутится вокруг абсолютно чёрных парралелепипедов неземного происхождения, названных «Монолитами». Согласно фильму один из этих «Монолитов» был причиной эволюции австралопитеков в homo sapiens.

Когда в начальном ролике Меченого кладут на стол у него отчетливо видна татуировка S.t.a.l.k.e.r., а в одном из финальных роликов она таинственным образом исчезает.

Авария произошла в 1986 году. Все были эвакуированы. Но на локомотивах можно увидеть обозначение «УЗ» (Укрзалізниця). Также на «Запорожцах» можно увидеть номерные знаки Украины.

Eсли в опциях игры сделать прицел с точным указанием кол-ва метров до цели и направить прицел вниз,выяснится,что меченый-гигант! Pасстояние от пола до кончика оружия,смотрящего вниз,1.6 метров,из чего можно сделать вывод-рост стрелка-3.5 а то и 4 метра![/spoiler]
[spoiler="Clear Sky"]События в «S.T.A.L.K.E.R.: Чистое небо» разворачиваются раньше, чем в «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля», фактически концовка «Чистого неба» является началом «Тени Чернобыля».

Деньги в новой игре тратятся намного быстрее и толковее, чем в первой игре. Здоровье игрока в новой игре медленно восстанавливается, но зато кровотечение стало более грозным фактором, так как само по себе полностью не проходит (только частично).

Несколько локаций из S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля в измененном виде присутствуют в игре, например, — «Агропром» и Кордон. Присутствует 50 % полностью новых локаций и несколько переработанных вырезанных локаций. Одна из самых больших локаций — Болото.

В игре присутствуют несколько персонажей из предыдущей игры. Например, Боров — не лидер бандитов, а всего лишь бармен в группировке на Свалке. Однако, он может рассказать игроку, что желает создать собственную банду. А такие персонажи, как Сидорович и Волк (на Кордоне) остались на прежних местах и исполняют такую же роль (правда у Сидоровича ассортимент товаров стал куда более полезный).

На смену статическим трекам пришла динамическая музыка. Во время нарастания напряжения во внутриигровых событиях (например, перестрелке) музыка переходит от мелодичной к напряжённой.

В отличие от S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля артефакты придётся искать с детектором, так как они стали невидимыми. Детектор можно держать только в руке, соответственно, держать вместе с детектором двуручное оружие нельзя. В свободную руку можно взять пистолет, нож или болт.

Теперь на карте ПДА отмечаются местоположения мутантов.

Теперь на экране появляется предупреждение о находящейся рядом гранате — NPC могут теперь кидать в Вас гранаты (на манер Crysis или Call of Duty).

Полностью переработаны концепты ПДА. Теперь в нём можно найти всю информацию о войне группировок, на карте отображаются места вероятного присутствия противника и т. п. Также теперь в нём нет разделов «Энциклопедия», «Местный фольклор», «Ранги» и «Данные».

Теперь некоторые персонажи за отдельную плату могут давать наводки на тайники (но в этом плане в игре наблюдаются ошибки — эти же персонажи могут продать изведанный тайник второй раз, при этом он останется пуст, а на ПДА будет отмечен).

Теперь главный герой может улучшать оружие и броню у механиков, которые присутствуют на базе каждой группировки (за исключением тех, которые не отмечаются на ПДА в разделе «Война группировок»). Следует заметить, что без апгрейдов оружие имеет такие низкие характеристики, что абсолютно не годится для боя. К тому же, апгрейды требуются даже для появления стандартных для данного оружия функций, например возможности крепления подствольника на АК-74.

Оружие и броню можно ремонтировать у механиков и у некоторых других персонажей (Лесник в Рыжем лесу, командиры отрядов «Чистого неба» в Лиманске и Госпитале) за определенную цену (в зависимости от степени повреждения и от цены оружия/брони).

Во всех локациях (кроме Лиманска, Госпиталя и ЧАЭС) размещены по несколько проводников — персонажей, способных за определенную плату (в зависимости от расстояния) мгновенно сопроводить игрока в определенное место. Доступность сопровождения в эти места зависят, во-первых, от того, заняты ли они враждующими для группировки, которой принадлежит проводник, объектами, и во-вторых, от того, побывал ли раньше в этом месте главный персонаж. Проводники своей группировки, по их словам, сопровождают бесплатно, но по неизведанным причинам это правило распространяется лишь на группировку «Чистое небо».

Теперь в игре нет ранга «Новичок». Минимальный ранг теперь — «Опытный». Ранг «Новичок» остаётся только в сетевой игре.

Когда в Рыжем лесу Шрам получает задание «прыгнуть в аномалию», вокруг неё лежат трупы и там лежит мёртвый Отец Валерьян но если потом вернуться на Кордон он там будет живым.

Сахаров говорит игроку, что Стрелок украл прототип устройства защиты от пси-излучения. Но когда в "Тени Чернобыля" игрок (т.е. сам Стрелок) приходит к Сахарову, тот говорит, что ничего не знает о Стрелке.

Когда в интро-ролике Шрам ведет группу на Болота, видно, что они идут со стороны Агропрома, т.е. по направлению от центра зоны. Но когда он видит приближающийся выброс, тот направляется со стороны болота, т.е. с окраины зоны в ее центр.[/spoiler]