В head или после
Code
<?if(!$USER_LOGGED_IN$)?>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
_uWnd.alert('Вы не зарегистрированы.<br><a href="$REGISTER_LINK$" target="_blank">Регистрация</a>','Guest, hello',{w: 200, h: 100, tm: 15000});});
</script>
<?endif?>